A realidade de contato e suas conseqüências para os Yanomami do rio Marauiá suscitaram, por parte da Secoya, novas respostas em uma perspectiva de Desenvolvimento Sustentável iniciando, a partir de 2002, atividades voltadas para “segurança alimentar, resgate cultural e alternativas econômicas sustentáveis”.

O crescimento das demandas nesse campo conduziu a Secoya para a criação do Departamento de Desenvolvimento Sustentável, com o objetivo de oferecer incentivos nas áreas de segurança alimentar, combate a desnutrição, fortalecimento da organização produtiva e valorização de práticas tradicionais de subsistência. No intuito de favorecer maior participação das comunidades, criou-se a Comissão de Agentes Agroflorestais em processo contínuo de capacitação.