A diretoria da Secoya é eleita para o prazo de dois anos e é atualmente composta por dois indígenas:

Esta é uma realidade incomum no mundo indigenista, e a Secoya faz questão de valorizar e consolidar, entendendo que os próprios interessados devem ser capacitados para assumir uma co-responsabilidade na defesa de seus interesses.

Um conselho fiscal é também eleito nas assembleias gerais e se reune três vezes ao ano, para acompanhar e fiscalizar tanto as contas quanto as ações da Secoya.